Компания была образована в июле 2007 года, с ноября того же года приступила к самостоятельному управлению вагонным парком. В декабре появились первые филиалы ПГК в Екатеринбурге, Нижнем Новгороде, Иркутске, Новосибирске и Ростове-на-Дону, а к весне 2008 года филиальная сеть сформировалась полностью.
В настоящее время в структуре ПГК 14 филиалов, осуществляющих обслуживание клиентов по сети железных дорог практически на всей территории России. На территориях Украины и Финляндии интересы ПГК представляют компании «ПГК в Украине» и Freight One Scandinavia. В ноябре 2014 года в Астане открыто дочернее предприятие «ПГК-Центральная Азия».
ПГК предоставляет полный комплекс услуг по транспортировке грузов. Свыше 80 % наших клиентов - ведущие отраслевые предприятия страны. Эффективную работу компании обеспечивают 3800 сотрудников. В 2013 году ПГК перевезла по сети РЖД более 243,2 млн тонн грузов, доля компании в объеме грузоперевозок России превышает 18 %.